第４回 SIG-BMK研究会
昨年に引き続き、オープンバイオ研究会（http://open-bio.jp）との合同開催
日時：
２００６年３月１０日（金） １３：４５より
１１日（土） １４：３０まで（予定）
研究会のみ参加(講演宿泊共になし)の場合：無料。参加登録の必要もありません。
内容
一日目 ： SIG-BMK の研究発表です
二日目 ： オープンバイオ研究会主体の
プレゼンテーションやハンズオンセミナー
二日目の詳細については
オープンバイオ研究会（http://open-bio.jp）で企画中です。
問い合わせ先：
東京大学 医科学研究所
ヒトゲノム解析センターゲノムデータベース分野 片山 俊明
場所：
北陸先端科学技術大学院大学
一日目 ： 知識科学研究科講義棟２Ｆ中講義室
二日目 ： 知識科学研究科講義棟３Ｆ電算室内のパソコン演習室
アクセス、予約
北陸先端科学技術大学院大学への道程
小松空港からのバス
宿泊先：
辰口温泉 まつさき旅館
923-1245 石川県能美市辰口町3-1
tel 0761-51-3111
宿泊の申し込みは終了しましたが、若干名なら予約可能ですので、世話人まで
御連絡下さい。
問い合わせ先(世話人)： 佐藤賢二 ken@jaist.ac.jp
北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科
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一日目のプログラム
13:45-14:45
"Initiatives in Ontology Community in the United State"
講演者：Barry Smith
(State University of New York at Buffalo, Saarland University(IFOMIS))
講演概要：未定（慶応からTV会議システムを通して１時間くらい講演）
Interdisciplinary Ontology Forum in Japan
参考URL: http://ontology.buffalo.edu/smith
http://www.ifomis.uni-saarland.de
14:45-14:50
休憩（5分）
14:50-15:10
"サフィックスアレイを利用したパターンマッチングエンジンの開発"
講演者：長谷川亜樹＠理研
講演概要：現在開発を行っているパターンマッチングソフトウェアについて、
そのシステム構成と、インプリメンテーション、性能実験の結果、および将来
の拡張について。
15:10-15:30
"Knoppix によるインスタント・ハイスループットコンピューティング環境"
構築（InterProScan4.1編）
講演者：小西史一＠理研
講演概要：ＣＤ1枚で起動するKnoppixの特性を利用し、クラスター計算機環境を簡単
に、そして安全に構築することができるシステムを開発した。本発表では、タンパク
質機能ドメイン検索アプリケーションであるInterProScan4.1のサービス環境をイン
スタントに構築することができるように作りこまれたＣＤに関する報告を行う。
15:30-15:45
"バイオインフォマティクス向け宣言的ワークフローからのWebサービス
コールの自動生成に関する研究"
講演者：新原敦介＠東工大
講演概要：バイオインフォマティクスでは,大規模計算が要求されるため, 柔軟なプ
ログラミングインターフェースと強力な計算資源を提供できるＷｅｂサービスが有望
視されている. しかし,バイオインフォマティクス研究者である利用者とサービス提
供者の意味的ギャップが大きい. そのため, 本研究ではユーザの意図を宣言的ワーク
フローとして定義し, 宣言的ワークフローから, Ｗｅｂサービスを呼び出すような
ワークフローを自動で生成する手法を提案し,実装を紹介する.
15:45-16:00
"三項関係に基づくADMEオントロジー構築法の提案"
講演者：有熊威＠東工大
講演概要：一貫性と再利用性の高い薬物動態の形式的記述を実現するために，三項関
係を基本組立ブロックとしたADMEオントロジー構築法を提案し，その有効性を抗癌剤
イリノテカンの薬物動態プロセスの記述を通して確認した．
16:00-16:10
休憩（10分）
16:10-16:30
"MedCD: PubMed Concept Dictionary 〜バイオサイエンスワールドの俯瞰〜"
講演者：谷内江望＠慶應大
16:30-16:50
"Quolf: Quadtree Viewer of Oligonucleotide Frequency"
講演者：市瀬夏洋＠京大
16:50-17:10
"BUGJA: Bioperl Users Group in Japan 〜活動紹介と今後の展開について〜"
講演者：仲里猛留＠NEC/阪大院
17:10-17:20 休憩（10分）
17:20-17:40
"GPAC: アノテーション精度に対する解析手法の感受性解析"
講演者：荒川和晴＠慶應大
17:40-18:00
"KNOB 2.0, WebサービスとKNOB"
講演者：二階堂愛＠埼玉医科大
18:00-18:20
"BioRuby + ChemRuby 〜未踏の成果と化合物類似性検索の高速アルゴリズム〜"
講演者：片山俊明＠東大、田中伸也＠京大
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