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開催済み研究会

１９９８年度　[ 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 ]
１９９９年度　[ 7 | AI | 8 | AI | 9 | 10 ]
２０００年度　[ 11 | 12 | 13 | 14 | 15 ]
２００１年度　[ 16 | 17 | 18 | 19 ]
２００２年度　[ 20 | 21 | 22 | 23 | 24 ]
２００３年度　[ 25 | 26 | 27 | 28 ]

１９９８年度
  • 第１回研究会
    日時　１９９８年４月１７日（金）
    場所　東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 3階講習会室
    参加人数　３５名
    プログラム
    １３：３０～１５：００
    （１） 分子生物情報研究会の発足にあたって
    小長谷 明彦 （北陸先端大）
    （２） 招待講演： 決定木と回帰木のための領域分割法
    森下 真一 （東大 医科研）
    １５：３０～１７：００
    （３） 分子表面の相補性によるタンパク質結合部位予測手法について
    松田 秀雄、吉森 勇人、橋本 昭洋 （阪大）
    （４） 遺伝子制御ネットワーク解明のためのシミュレーション・プログラム
    阿久津 達也 （東大医科研）、久原 哲 （九大）、丸山 修 （東大医科研）、
    宮野 悟 （東大医科研）
    １７：１０～１７：４５
    （５） ヒトゲノム解析センター見学会
  • 第２回研究会
    日時　１９９８年６月１２日（金） １３時～１７時３０分
    場所　 電子技術総合研究所
    情報基盤整備センター（新情報棟）１階
    オープンディスカッションルーム （ 地図・交通機関）
    参加人数　３７名
    プログラム
    １３：００～１５：００
    （１）慶大湘南藤沢キャンパスにおける「ゲノム情報生物学」
    冨田 勝（慶応大学）
    （２）遺伝子の翻訳開始領域のコンピュータ解析
    ○斎藤輪太郎、安井千世、冨田勝（慶応大学）
    （３）Shine-Dalgarno配列と16SrRNA3'末端の相補鎖の自由エネルギー解析
    ○長田木綿子、斎藤輪太郎、冨田勝（慶応大学）
    （４）原核生物における転写終結部位ステム・ループ構造の網羅的解析
    ○鷲尾 尊規、冨田 勝（慶応大学）
    （５）原核生物における複製開始地点のコンピュータ解析
    ○坂井寛章、鷲尾尊規、冨田勝（慶応大学）
    １５：００～１６：００
    （６）電総研における「分子生物情報研究」、Gene Findingシステム
    浅井 潔（電総研）
    （７）タンパク質ブラウジング環境：MOSBY+ASHLEY（含：デモ）
    上野 豊（電総研）
    １６：３０～１７：３０
    （８）新情報処理開発機構（RWC）並列応用つくば研究室紹介・デモ
    並列タンパク質解析（PAPIA）システムのプレゼンとデモ
    PAPIAクラスタの実機見学
    SR2201など他の並列計算環境の見学
  • 第３回研究会
    日時　１９９８年９月１１日（金） １２：３０～１８：００
    場所　 かずさDNA研究所 ４階 大会議室 ( 地図・時刻表)
    参加人数　約４０名

    プログラム
    12:30～1:10
    グラフを用いた異種系統樹間の調停機構
    ○北上 始，西本 美都子，森 康真，大田 聡史，斎藤 成也(広島市立大学)
    1:10～2:10
    シアノバクテリアをmodel生物とした、遺伝子領域等の検出方法の研究
    ○広沢 誠 (かずさDNA研究所)
    2:10～2:40
    かずさDNA研究所の見学
    2:40～3:30
    「生物学者が計算機屋に期待すること」および研究所紹介(招待講演)
    ○小原　収 (かずさDNA研究所)
    3:40～4:30
    「生物学者が計算機屋に期待すること」および研究所紹介(招待講演)
    ○太田紀夫 (ヘリックス研究所)
    4:30～4:50
    ヘリックス研究所の見学
    5:00～5:20
    イントロン挿入部位と読み枠の相関について
    ○冨田 勝、清水 信義(慶応大学)、Doug Brutlag(Stanford大学)
    5:20～5:40
    様々な生物種におけるCpG二塩基頻度とDNAメチル化について
    ○清水 友益、高橋 恒一、冨田 勝(慶応大学)
    5:40～6:00
    霊長類ALU配列挿入部位のパターン解析
    ○戸田 好美、冨田 勝(慶応大学)
  • 第４回研究会
    日時　１９９８年１１月２７日（金） １３：００～１８：１０
    場所　 慶応大学 湘南藤沢キャンパス（SFC）τ(タウ）11号室　 (地図)
    参加人数　８０名

    第４回は細胞シミュレーションに関するワークショップとして開催されました。

    Special Workshop on Computer Simulation of the Cell

    ゲノム解析による遺伝子情報の爆発的な増大にともない、細胞代謝をシステム
    として理解することは２１世紀の生命科学における最も重要な課題のひとつと
    なります。本ワークショップでは、未だ発展途上にある「細胞モデル・シミュ
    レーション」の分野に挑戦する研究者を集め、各自の研究内容を紹介するとと
    もに、２１世紀の生命科学のあり方を議論します。

    プログラム
    13:00～13:10
    ご挨拶
    冨田勝（慶大）
    13:10～13:35
    E-CELLプロジェクトの概要
    冨田勝（慶大）
    13:35～13:50
    ○高橋恒一、柚木克之、清水友益、冨田勝（慶大）
    E-CELLのモデリング手法とシステム構築
    13:50～14:15
    ◯大竹久夫、滝口昇（広島大）
    バーチャル大腸菌構築の新手法
    14:15～14:40
    ◯諸星知広、辻　敏夫、大竹久夫（広島大）
    細菌走化性のシミュレーション
    14:40～15:05
    北野宏明（ERATO JST、SONY CSL）*代理
    酵母と大腸菌の全細胞シミュレーションについて
    16:10～16:35
    岡本正宏（九工大）
    代謝経路解析用統合シミュレータ(BEST-KIT)の開発
    16:35～16:50
    ○橋本健太、三由文彦、清水友益、里吉健、冨田勝（慶大）
    E-CELLシステムを用いた転写、翻訳、複製のモデリング
    16:50～17:05
    ○松嶋亮、川瀬晶子、渡邊奈生子、中野寿子、齋藤佳奈子、冨田勝（慶大）
    E-CELLシステムを用いたヒト赤血球のモデリング
    ○松崎由理、齋藤佳奈子（慶大）、清水友益（ケンブリッジ大）、谷田さくら、冨田勝（慶大）
    E-CELLシステムを用いた原核細胞化走性シグナル伝達経路のモデリング
    17:20～17:45
    ◯倉田博之、関実（東大工）、古崎新太郎（九大工）、大竹久夫（広大工）
    細菌の熱ショック応答のアルゴリズムを用いたフィードバック制御
    17:45～18:10
    ◯武田裕彦（九大）、John Reinitz(Mt. Sinai Med. School)
    シミュレ－ションのために数理モデリングを用いることについて
  • 第５回研究会
    タンパク質立体構造予測特集

    日時　１９９９年１月１８日（月）　 １３時～１８時
    場所　日本電気(株) 本社 ２４２会議室
    （東京都 港区 三田。最寄り駅:JR田町駅。地下鉄:三田駅。徒歩５分）
    参加人数　２３名

    （１）１３：００～１３：３０
    タンパク質立体構造予測コンペティション(casp3)の概観
    秋山 泰（新情報処理開発機構）
    （２）１３：３０～１４：３０（招待講演）
    3D-1D 法の展開
    西川 健（国立遺伝学研究所）
    （３）１４：３０～１５：３０（招待講演）
    CASP3への挑戦:UNAGIの軌跡
    太田 元規（国立遺伝学研究所）
    （４）１５：４０～１６：２５
    New Joint法とSSThread法に基づくタンパク質二次構造予測
    野口 保（新情報処理開発機構）
    （５）１６：２５～１７：１０
    多次元分布の圧縮表現を利用したタンパク質残基間統計力場ポテンシャルに ついて
    鬼塚 健太郎（新情報処理開発機構）
    （６）１７：１０～１７：５５
    タンパク質の2次構造予測法の開発
    小林 幸夫（創価大学）
    １８：１５～　　懇親会
  • 第６回研究会
    日時　１９９９年３月１２日（金）午後～ ３月１３日（土）午前
    場所　石川ハイテク交流センター ( JAISTすぐ前)
    参加人数　３１名

    プログラム
    ３月１２日(金)
    14:00～14:10
    あいさつ
    小長谷 明彦 （JAIST）
    14:10～14:40
    DNAの反応シミュレーションとGenetic AlgorithmによるPCR実験の条件設定の試み
    ○西川明男、萩谷昌己（東大）、山村雅幸（東工大）
    14:50～15:20
    ゲノム解析の課題について
    森　浩禎（NAIST）
    15:30～16:00
    生物学者が欲しがるゲノムデータとは？
    田畑 哲之（かずさDNA研）
    16:10～16:40
    プロテオーム解析支援システム
    高橋 勝利 (JAIST)
    16:40～17:40
    ポジションペーパー
    17:40～16:30
    JAIST見学
    19:00～
    懇親会(松崎旅館 TEL:0761-51-3111)

    ３月１３日(金)
    9:30～10:00
    ＨＭＭによるＭＨＣ結合ペプチド予測（仮題）
    馬見塚 拓 （ＮＥＣ）
    10:10～10:40
    タンパク質βシート予測
    麻生川 稔 （NEC）
    10:50～11:20
    立体構造のマルチプルアラインメントに基づくタンパク質立体構造予測
    阿久津 達也、沈 金 蘭 (東大医科研)
    11:30～12:30
    バイオチップ研究開発の動向
    民谷栄一 （JAIST）
１９９９年度

  • 第７回研究会

    日時 １９９９年５月２６日(水) １３：００～１７：３０
    場所　 国立遺伝学研究所
    生命情報研究センター棟２階AVルーム（W202号室）
    参加人数　２２名

    （１）１３：００～１３：１０
    今年度のSIGMBIについて
    小長谷 明彦 （北陸先端大）
    （２）１３：１０～１３：２０
    ごあいさつ
    西川 建 （国立遺伝学研究所）
    （３）１３：２０～１４：２０（招待講演）
    生物学者から見た分子生物情報学：生命プログラムと2000年問題
    小原 雄治（国立遺伝学研究所）
    （４）１４：２０～１５：２０（招待講演）
    転写制御系における情報伝達
    藤田 信之 （国立遺伝学研究所）
    （５）１５：４０～１６：１０
    腸菌熱ショック応答制御の複雑性はロバスト性と高いパフォーマンスを生み出す
    倉田 博之 （東大）
    （６）１６：１０～１６：３０
    サポートベクタマシン：ニューロに代わる新しい判別方式
    麻生川 稔（NEC C&Cメディア研）
    （７）１６：３０～１７：００
    線形計画法およびサポートベクタマシンによる S-system の推定
    ◯阿久津 達也、宮野 悟 （東大 医科研）、久原 哲 （九大）
    １８：００～２０：００ 懇親会
  • 人工知能学会全国大会 研究会特別セッションパネル

    日時　１９９９年６月１７日（木）
    場所　早稲田大学国際会議場

    「生命理解のためのABC -人工生命（A）、分子生物（B）、情報（C）の立場から見た
    生命現象を解明するための方法論について-」
    司会：小長谷明彦（北陸先端大）
    パネリスト：森浩禎（奈良先端大）、浅井潔（電総研）、冨田勝（慶応SFC）、 伊庭斉志（東大）
  • 第８回研究会

    日時　１９９９年９月１７日（金）、 １８日（土）
    場所　 京都厚生年金休暇センター
    参加人数　約３５名

    ９月１７日（金） １３：００～１８：００
    「ホヤのゲノムプロジェクト」招待講演:1時間
    　　真壁 和裕（京大・理）
    「大腸菌ゲノム:「これまで」と「これから」」招待講演:1時間
    　　森 浩禎（奈良先端大）
    「ゲノム情報の検索・抽出のための文書解析技術」招待講演:1時間
    　　松本 裕治（奈良先端大・情報科学）
    「ホヤの発現情報データベース」50分
    　　川島 秀一（京大化学研究所）
    「微生物ゲノム配列に基づくABC輸送系の比較解析」50分
    　　富井 健太郎（生物分子工学研究所）
    「ISMB'99報告 part1」30分
    　　佐藤 賢二（北陸先端大）
    午後６時頃より懇親会（京都厚生年金休暇センター）

    ９月１８日（土） ９：００～
    「in vivo結合配列同定による転写ネットワーク解析法の開発」招待講演:1時間
    　　高橋 直樹（奈良先端大）
    「タンパク質主鎖の二面角の分類と連続的傾向」20分
    　　田中 秀俊（三菱電機 情報総研）
    「Modeling and Predicting Transcriptional Units of E. coli Genes Using HMM」1時間
    　　矢田 哲士（理研）、中尾 光輝（京大）、十時 泰氏（理研）、中井 謙太（東大医科研）
    「ISMB'99報告 part2」1時間
    　　浅井 潔（電総研）、矢田 哲士（理研）

  • 第１０回ＡＩシンポジウム （１) ゲノム解析とＡＩ技術
    　　　　　　（シンポジウム（２）はナレッジマネジメントとその支援技術）
    平成１１年１２月１６日（木）～１７日（金）
    　早大国際会議場　３Ｆ　第３会議室　

    １２月１６日（木）
    ９：３０～１２：３０
    一般講演　６件＊３０分
    ２：００～３：００
    招待講演「チップとスニップ - ゲノムデータベースの最近の話題から」
    高木 利久（東京大学ヒトゲノム解析センター）
    ３：００～４：００
    招待講演「立体構造予測の実際」
    太田 元規（国立遺伝学研究所）
    ４：００～５：３０
    パネル「ＡＩ技術はゲノム解析に本当に役立つか？」
    司会： 小長谷 明彦(北陸先端大学)
    パネリスト：高木 利久（東京大学ヒトゲノム解析センター）
    　　　　　　太田 元規（国立遺伝学研究所）
    　　　　　　森 浩禎（奈良先端大）
    　　　　　　秋山 泰（ＲＷＣＰ）
    １２月１７日（金）
    ９：３０～１０：３０
    招待講演「ゲノム情報解析とタンパク質構造ゲノミックス」
    八尾 徹（理化学研究所）
    １０：３０～１１：３０
    招待講演「ゲノムビジネスとベンチャー」
    古谷 利夫（株式会社ファルマデザイン）
    １１：３０～１２：３０
    招待講演「バイオ産業の情報化とJBIC」
    松浦 幸男（ＪＢＩＣ情報化推進部長）

  • 第９回研究会

    日時　２０００年２月４日(金)午後１時～午後５時４５分
    場所　 RWCP（新情報処理開発聞機構）つくば研
    参加人数　２３名

    （１） １時～２時
    サポートベクターマシンの理論とその応用（招待講演）
    津田 宏治（電総研）
    （２） ２時～３時
    ゲノム解析；構造情報学の立場からのアプローチ（招待講演）
    諏訪 牧子（ヘリックス研）
    （３） ３時３０分～４時１５分
    PSB参加報告
    村上 勝彦（日立中研）
    （４） ４時１５分～５時
    代謝系のグラフモデルの、薬物代謝、農薬代謝への応用
    ◯有田 正規（電総研）、西岡 孝明（京大）
    （５） ５時～５時４５分
    筑波ＢＢ:短いモチーフの最適アライメントを求めるアルゴリズム
    Paul Horton（RWCP）
    ６時～
    懇親会（会場未定、懇親会参加者は懇親会費がかかります）
  • 第１０回研究会

    日時　２０００年３月１７日（金）～１８日（土）
    場所　第１０回研究会　石川ハイテク交流センター　 （ 北陸先端大のすぐ前）
    参加人数　約３０名

    プログラム
    １７日（金）
    （１） ２時～３時３０分
    ゲノム情報解析とバイオインフォマティクス動向（招待講演）
    八尾 徹 （理研）
    （２） ３時３０分～４時
    生物情報表現の試み(要件定義と情報モデル化)
    田中康博(NTTデータ)、○溝口徹夫(岩手県立大学)
    （３） ４時～４時３０分
    多次元平均力場ポテンシャル法の厳密な検証結果
    ◯鬼塚健太郎（松下技研）、野口保、秋山泰（RWCP）
    （４） ４時３０分～５時
    タンパク質の進化性の数学的解析
    ○鈴木 秀明（（株）ＡＴＲ 人間情報通信研究所）
    （５） ５時～６時
    ゲノムデータベースを用いた研究の事例紹介
    ○佐藤 賢二、○辰本将司（JAIST）
    ６時３０分頃～
    懇親会（会場：松崎旅館）
    １８日（土）
    （６） ９時～１０時３０分
    NMRによる構造生物学とinformaticsに対する期待（招待講演）
    楯 真一（JAIST）
    （７） １０時３０分～１１時
    二つのタンパク質における構造的類似度を発見するための遺伝的アルゴリズムの適用
    ○朴 聖俊、山村 雅幸（東京工業大学)
    （８） １１時～１１時２０分
    メラノーマ細胞G-361の細胞凝集に関する研究
    ○若林 健一、山村 雅幸（東京工業大学）
    （９） １１時２０分～１１時５０分
    DNA computingにおける配列設計の現実
    ○有田　正規（電総研）、西川明男、萩谷昌己（東大）
    （１０） １１時５０分～１２時１０分
    転写因子と結合部位の特異性について
    ○長嶋 剛史、小長谷 明彦（JAIST）
    （１１） １２時１０分～１２時３０分
    HMMによる遺伝子発見partII
    ○金 中丸、小長谷 明彦（JAIST）
２０００年度

  • 第１１回研究会　
    日時　２０００年５月２６日（金）
    場所　 東大 医科学研究所　 アムジェンホール　　 （ 交通手段・地図）
    参加人数　約５０名
    プログラム
    （１） １時～２時　（招待講演）
    ベイジアンネットワークによる情報処理
    本村 陽一（電子技術総合研究所）
    （２） ２時～３時　（招待講演）
    オリゴキャップ法cDNAライブラリーから見た5'UTRの解析
    菅野 純夫（東大 医科学研究所）
    （３） ３時３０分～４時
    大規模シーケンシングプロジェクトにおける情報処理
    矢田 哲士（理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター）
    （４） ４時～４時３０分
    SVMを用いた2次構造予測
    麻生川 稔（NEC C&Cメディア研究所）
    （５） ４時５０分～５時２０分
    実数値GAによる重みつき遺伝子ネットワークの探索
    ○上田 展久, 佐藤 泰介（東工大）
    （６） ５時２０分～５時５０分
    RECOMB2000参加報告
    阿久津 達也（東大 医科学研究所）
    ６時３０分頃～
    懇親会（会場：未定、目黒駅近辺）
  • 人工知能学会全国大会　研究会特別セッション
    平成１２年７月７日（金）
  • 第１２回研究会
    日時　２０００年７月１５日（土）
    場所　 慶応大学 湘南藤沢キャンパス（SFC）τ(タウ）11号室　 （ 地図）
    （共催： 第一回バイオシミュレーション研究会　　 日本バイオインフォマティクス学会）
    参加人数　約５０名？
    プログラム
    アンモニア同化システムのフィードバック制御
    倉田博之、多比良和誠（東大）
    大腸菌熱ショック応答の定性的および定量的モデリング
    滝口昇、江道寺一彰、田島誉久、大竹久夫（広島大）
    ユビキチン－プロテアソーム系による細胞周期制御のモデル化
    伊達英俊、小長谷明彦（北陸先端大）
    分光法を利用した代謝経路酵素反応に関する速度論的研究
    中西健一、橋本篤、亀岡孝治（三重大）
    Ｅ－ＣＥＬＬシミュレーションシステムを用いた様々な細胞代謝モデリング
    橋本健太、松崎由理、柚木克之、三由文彦、妹尾紗恵、藤田由紀、松尾玲奈、 山田洋平、汪エミリー、冨田勝（慶応大）
    ヒト赤血球細胞シミュレーションによる先天的遺伝疾患の解析
    中山洋一、木下綾子、松嶋亮、喜田光洋、冨田勝（慶応大）
    E-CELL シミュレーション環境の現状とその目指すもの
    高橋恒一、斎藤裕介、石川直太、岩田具治、米田元洋、相川智彦、 岡山真之、中山洋一、冨田勝（慶応大）
    生命現象記述体系Bio-calculusおよびそのシミュレーション環境
    ゜大浪修一1、長﨑正朗1,2,3、宮野悟1,3、北野宏明1,4
    1科技団・ERATO・北野プロジェクト、2東大・院理・情報科学、3東大・医科研、 4SONY・CSL
    Ｗｅｂをベースにした非線形システム解析シミュレータ(BEST-KIT)の開発
    櫻庭健司、吉村　淳、岡本正宏（九工大）
    午後６時～８時　懇親会（2000円程度）
  • 第１３回研究会
    日時　２０００年９月１４日（木）
    場所　 大阪大学 豊中キャンパス 基礎工学部 I棟 1階 AV室 （ 地図）
    参加人数　約50名
    プログラム
    招待講演 「構造バイオインフォーマティクス：蛋白質分子表面形状と物性に基づく機能分類」
    中村春木 先生 (大阪大学 蛋白質研究所)
    招待講演 「細胞性粘菌のcDNAプロジェクトの現状と展望」
    前田ミネ子 先生 (大阪大学 大学院理学研究科)
    翻訳開始AUGコドン周辺配列を評価する新たなインデックス "AUG context adaptation index"
    宮坂　均◯、田中　聡 (関西電力総研)
    代謝反応パスウェイに共通する類似反応パターンの抽出手法
    遠里由佳子○，松田秀雄，橋本昭洋 (阪大基礎工情報)
    遺伝子知識スパイラルの構想について
    小長谷　明彦（ＪＡＩＳＴ）
    ISMB'00 参加報告 (30)
    松田秀雄 (大阪大学)
    蛋白質モチーフとSCOPクラスの相関分析
    武 (富士通研究所)
    懇親会 「浪花ろばた八角」千里中央店 (TEL 06-6831-0701) (北大阪急行 千里中央駅 中央改札１階)
  • 第１４回研究会 「理研GSC特集」
    日時２０００年１月１２日（金）
    場所 理研GSC 西研究棟 5階 セミナー室 1-3 （横浜市鶴見 地図）
    交通アクセス
    [電車] JR鶴見駅よりJR鶴見線「鶴見小野駅」下車、徒歩13分
    [バス] 鶴見駅東口バスターミナル7番乗降口より川崎鶴見臨港バス 「ふれーゆ」行き 「理研・市大大学院前」下車、徒歩0.5分
    バス停を降りたところの構内入り口に守衛室がありま す。その守衛 室で必ず入館用のカードを受け取ってください。（複 数のグループの場合は、 代表者の方一人だけで大丈夫です。）このカードがな いと、入館できません。
    参加人数　87名
    プログラム
    「理研GSC特集」
    12:30 藤山秋佐夫 先生 （ゲノム地図解析）
    「ヒトゲノム配列の完成に向けて」
    13:15 渡辺日出海 先生 （比較ゲノム解析）
    「我々自身を理解するための比較ゲノム解析とゲノム進化生物学」 概要
    14:00 - 14:15 休憩
    14:15 河 合 純 先生 （配列情報、発現情報解析）
    「マウス完全長cDNAプロジェクト」 概要
    15:00 権藤 洋一 先生 （動物ゲノムの個体遺伝情報）
    「ポストゲノムにおけるモデル動物の役割」 概要
    15:45 - 16:00 休憩
    16:00 松 尾 洋 先生 （タンパク質の立体構造解析）
    「構造ジェノミクスの展開」 概要
    16:45 小長谷明彦 先生 （遺伝子ネットワークモデル化）
    鶴見駅前「縁側屋」で懇親会（参加者２４名）
  • 第１５回研究会
    日時 ２００１年３月１４－１６日
    情報処理学会 数理モデル化と問題解決研究会(MPS)と連続開催
    14日 13:00-17:00 SIGMBI
    15日 10:00-12:00 SIGMBI 13:00-17:30 MPS
    16日 10:00-16:20 MPS
    場所 北陸先端科学技術大学院大学知識一棟２F中講義室 ビデオプロジェクターを用意します。 (大学への行き方は ここ）
    参加人数約６０名
    宿泊 辰口温泉、 旅館「まつさき」
    プログラム
    14日 13:00 招待講演 西岡 孝明 先生 （京都大）
    「生体内化学反応の知識化と代謝経路予測」
    一般講演
    14:00 鹿島 久嗣（IBM基礎研）
    「確率的ブーリアンネットワークを用いた遺伝子ネットワークの推定」
    14:30 北川 純次（東京大学）
    「代謝ネットワークのペトリネットによるモデル化と 遺伝的アルゴリズムによる構造推定」
    14:50 太田 元規（遺伝研）
    「酵素活性部位にある耐熱化ホットスポット：活性部位予測に向けて」
    15:20 休憩
    15:40 内藤隆宏 （北陸先端大）
    「マイクロアレイデータとデータベースからの相関ルール発見」
    16:00 柚木 克之 （慶応先端生命科学研）
    「ミトコンドリアの反応速度論的シミュレーションおよび医学・生理学実験への応用」
    16:30 三由 文彦 （慶応先端生命科学研）
    「概日リズムにおける確率的表現法及び経路予測」
    17:00 坂井 寛章 （慶応先端生命科学研）
    「5'非翻訳領域の配列保存性とコドン使用の偏りとの相関について」
    15日
    一般講演
    10:00 三浦 直樹 （弘前大）
    「３次元MRI-T1強調画像からの脳領域自動抽出法の提案」
    10:30 上野 豊 （電総研）
    「プログラミング言語Luaの遺伝子データ処理への適用」
    11:00 招待講演 (時間が変わりました)
    民谷 栄一 先生 （北陸先端大）
    「ナノテクノロジーとバイオテクノロジー」
２００１年度

  • 第１６回研究会
    日時
    ２００１年５月１５日（火）
    場所
    東京工業大学 長津田キャンパス
    総合研究館 大会議室
    アクセス
    東急田園都市線すずかけ台駅徒歩5分
    （地図）
    参加人数 約30人
    プログラム
    招待講演
    13:00 相澤 益男 先生
    東工大 大学院生命理工学研究科 生命情報専攻
    一般講演
    14:00 梶田 睦 (遺伝研,東工大) 山村 雅幸 (東工大) 小原 雄治 (遺伝研)
    「線虫の初期胚発生過程における細胞配置シミュレーションに向けて」
    14:30 吉良聡 (東工大)
    「決定木を用いた異種外来タンパク質の発現予測」
    15:00 豊田哲郎 (理研)
    「SBDD: Structure-Based Drug Design による薬剤耐性化への対処法」
    15:30 - 16:00 休憩
    16:00 高橋 治 (NEDO,東工大) 「階層化遺伝的アルゴリズムによるペプチドのエネルギー最小化」
    16:30 小特集 「CASPコンテストの現状」 世界で唯一のタンパク質立体構造予測のコンテスト"CASP"(第四回)の参加者に、 会場の雰囲気から最新の予測技術までを紹介してもらいます。
    鬼塚 健太郎 (松下技研), 野口 保 (CBRC)
    18:00 - 懇親会
  • 第１７回研究会お台場 CBRC 特集
    日時
    ２００１年７月５日（木） 13:00 -
    場所
    生命情報科学研究センター (CBRC) 4F 大会議室
    （江東区青海 2-41-7 臨海副都心センター内）
    アクセス
    ゆりかもめ テレコムセンター駅徒歩3分 （地図）
    参加人数 約１２０人
    プログラム
    CBRCチームリーダーの方々に、CBRCの目標と最近の研究動向を紹介していただきます。今回は一般講演の募集はありません。
    13:00 秋山 泰 （センター長）
    「生命情報科学研究センター紹介」
    13:15 後藤 修 （アルゴリズムチーム リーダー）
    「遺伝子配列とアルゴリズム」
    13:45 浅井 潔 （数理モデル、知識表現チーム リーダー）
    「遺伝子情報の数理」
    14:15 秋山 泰 （分子情報科学チーム リーダー）
    「in Silicoに見る生体分子情報」
    15:15 森 彰 （サイバーアシスト研究センター、 ソフトウェアチーム リーダー）
    「サイバーアシスト構想」
    16:00 諏訪 牧子（ゲノム情報科学チーム リーダー）
    「ゲノムワイドな7TM機能予測プロジェクト」
    16:30 高橋 勝利（細胞情報科学チーム リーダー）
    「ポストゲノムのプロテオーム、フィジオーム解析」
    17:00 簡単な所内見学
    18:00 懇親会 サンセットビーチブルーイングカンパニー tel. 03-3599-6655
  • 第１８回研究会
    日時     １１月１６、１７日（金、土）
    場所     弘前大学 理工学部２号館２階 第１１講義室
            青森県弘前市文京町３番地
    宿泊     弘前パークホテルへ各自予約してください。 （会場から徒歩２０分）
    参加人数 約２０人
    アクセス 大学ホームページ参照 （交通案内）
    プログラム
    招待講演
    16日 14:30 弘前大学農学生命科学部　牛田千里　先生
    「広がる非翻訳RNAの世界」
    一般講演
    15:30 杉山 佳明（弘前大）、清水 俊夫（弘前大）
    「ループ長による膜貫通タンパク質の機能分類」
    15:45 池田 修己（弘前大）、奥野 智旦（岩手大）、清水 俊夫（弘前大）
    「 膜貫通トポロジー予測法の性能評価とコンセンサス法による予測精度の向上」
    16:00 Lao M. Demelo（弘前大）、清水 俊夫（弘前大）
    「Tackling the signal peptide problem」
    16:15 新居 真吏（弘前大）、清水 俊夫（弘前大）
    「ゲノムスケール膜貫通トポロジー解析」
    17:00 清水俊夫、吉岡 良雄（弘前大）
    「並列コンピュータLSCへのペアワイズアライメントの実装」
    17:15 工藤 優美（弘前大）、清水 俊夫（弘前大）
    「スプライシングパターンの塩基出現の位置間相関」
    17:30 横山 勉（弘前大）、渡辺 拓水（弘前大）、 種田 晃人（弘前大）、清水 俊夫（弘前大）
    「遺伝的アルゴリズムによるマルチプルアライメントMAGAと そのWebサーバへの実装」
    17:45 水田 智史（弘前大）、清水 俊夫（弘前大）
    「遺伝的アルゴリズムによる順方向性ニューラルネットの最適構造の探索--- 膜貫通セグメント領域の予測に向けて ---」
    17日 10:00 吉岡　隆　(NTTデータ)　小谷　秀示(理研) 小長谷　明彦 (理研)
    「ハイブリッドペトリネットを用いた細胞周期制御因子のシミュレーション」
    10:30 高橋勝利 (CBRC)
    「相対オイラー角決定法」
    11:30 小林正昭 (JAIST)
    「LAMP法によるDNAセンサー 」
    　　
  • 第１９回研究会
    日時     ２００２年３月２５－２６日
    場所     北陸先端科学技術大学院大学 知識科学研究科 中講義室
    http://www.jaist.ac.jp/~kouhou/General_info/access/access.html
    宿泊     辰口温泉、まつさき旅館
    http://www.ishikawashokokai.or.jp/tatsunokuchi/company/matsusaki/
    参加人数 約３０人
    アクセス 2002年1月より小松空港からのバスが大学直通になりました
    http://www.jaist.ac.jp/~kouhou/General_info/access/exp_bus.html
    プログラム
    25日
    14:00 招待講演 「ゲノムを読み解く：分子間相互作用解析からのアプローチ」
    　　　金沢大学がん研究所 伊藤隆司先生
    15:20 "Forest：Fold Recognition Stadium"
    　　　野口 保 富井健太郎 秋山　泰(生命情報科学研究センター), 太田元規(遺伝研)
    16:00 - 16:20 休憩
    16:20　DNAバイオテクノロジーにおける配列の設計法
    　　　産総研CBRC 有田正規
    17:00　多重出力 HMM を用いた遺伝子領域予測法における cDNA 情報の統合
    　　　奈良先端大 熊谷 俊高
    26日
    9:30 招待講演　ポストゲノムへ向けた質量分析の開発課題
    　　　北陸先端大 内藤康秀
    10:50 - 11:00 休憩
    11:00 Particle System による化学反応シミュレーション
    　　　北陸先端大 玉樹真一郎
    11:40 細胞のダイナミクスに関する粒子シミュレーション
    　　　理研GSC 我妻竜三
２００２年度

  • 第２０回研究会
    日時     ５月２４日（金）
    場所     東大 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター １号館 講堂
    アクセス ホームページ 参照
    参加者およそ１００人
    プログラム
    13:00 招待講演 角田 達彦先生
    (理研遺伝子多型研究センター)
    「遺伝子多型・発現解析によるオーダーメイド医療」
    14:15 花井泰三*○、冨田秀太**、安藤達哉**、本多裕之**、小林　猛**
    (*九大農学、**名大工学）
    「DNAマイクロアレイデータに対する知識情報処理」
    14:45 佐藤眞木彦，松林美穂○
    (富士通(株)ライフサイエンス推進室)
    「タンパクファミリーからのモチーフ自動抽出」
    15:15 有田 正規
    (生命情報科学研究センター)
    「ARM プロジェクト」
    16:00 招待講演 中井 謙太先生
    (東大医科研)
    「転写制御領域の配列情報解析」

  • 人工知能学会全国大会
    パネルディスカッション 「グリッド計算とバイオインフォマティクス」
    日時     ５月３１日（金） １７：００
    場所     国立情報学研究所 学術総合センター
    パネリスト（あいうえお順）
    秋山 泰（産総研 CBRC）
    麻生川 稔 (NEC)
    小西 史一 (理研GSC)
    福田 晃 (九大)
    松岡 聡 (東工大)

  • 第２１回研究会 連続開催： 日米合同ワークショップ 「有用微生物のシステム生物学」
    日時     ９月１８日（水）13:30 - 17:00
    場所     慶應大学鶴岡タウンキャンパス キャンパスセンター
    アクセス ホームページ 参照。羽田空港から､庄内空港までは 一日３便が運行しています．
    プログラム    
    13:30　小長谷　明彦 （北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科）
    「オープンバイオインフォマティクスグリッド（OBIGrid）- バイオと情報の真の融合を目指して-」
    14:30　菊地進一ほか （慶應義塾大学 先端生命科学研究所ほか）
    「遺伝的アルゴリズムとS-systemを用いた遺伝子ネットワークの動 的モデリング法」
    15:10-40　BREAK
    15:40 中山洋一ほか （慶應義塾大学 先端生命科学研究所、同・環境情報ほか）
    「大規模シミュレーションを可能とする静的/動的ハイブリッド・アルゴリズム」
    16:20 三由文彦ほか （慶應義塾大学 先端生命科学研究所、 同・政策メディア・バイオイ ンフォマティクスプログラムほか）
    「E-cell Systemを用いたシアノバクテリア概日リズムの遺伝子制 御ネットワーク予測」

  • 第２２回研究会
    計測自動制御学会　システム情報部門学術講演会 SSI2002 のオーガナイズドセッション 「分子から個体まで：新しいバイオインフォマティクス」 と共催になります。
    日時     １１月１３-１５日
    場所     理研GSC
    プログラム     詳細はSSI2002を参照してください。
    [1] 「ゲノム新時代」
    オーガナイザ：小長谷明彦（理研・北陸先端大），権藤洋一（理研・東工大）
    チュートリアル：小原雄二（遺伝研）
    [2] 「タンパク質の構造と機能」
    オーガナイザ：太田元規（東工大），小野功（徳島大）
    チュートリアル：木下賢吾（横浜市立大）
    [3] 「生命のネットワーク解析」
    オーガナイザ：泰知真弘人（理研）
    チュートリアル：小長谷明彦（理研・北陸先端大）
    [4] 「ハイスループット計測とデータマイニング」
    オーガナイザ：権藤洋一（理研・東工大），山村雅幸（東工大）
    チュートリアル：金谷重彦（奈良先端大）
    [5] 「個体変異解析のためのバイオインフォマティクス」　パネルディスカッション
    パネリスト：権藤（理研・東工大），坊農（理研），豊田（理研），松井（理研）

  • 第２３回研究会
    京都大学バイオインフォマティクスセンター特集
    日時     １月２１日（火）１３：００より
    場所     京都大学化学研究所 共同研究棟１階 大セミナー室 (地図)
    参加者およそ50人（うち京大以外３０人）
    プログラム    
    13:00-14:00 金久實 先生
    ゲノム情報と化学情報の統合解析
    14:00-14:40 藤博幸 先生
    進化的視点からのゲノム情報解析
    14:40-15:20 馬見塚拓 先生
    プロテオーム情報と低分子化合物情報の効率的な解析
    15:40-16:20 阿久津達也 先生
    バイオインフォマティクスにおけるアルゴリズムの設計と解析
    16:20-17:00 宮野悟 先生
    遺伝子ネットワークの推定とモデル化
    17:00-17:30
    スーパーコンピュータラボラトリー見学

  • 第２４回研究会
    共催：第5回 オープンバイオインフォマティクスフォーラム
    日時     ３月１７日（月） 午後１３：３０時より １８日（火） 午後１２：１０まで
    場所     北陸先端科学技術大学院大学知識一棟２F中講義室 (小松空港からのバスが便利です)
    宿泊先     辰口温泉、まつさき旅館 （ 宿泊申し込み）
    プログラム    
    17日
    1330 - 1340 開会挨拶
    1340 - 1430 招待講演 久原 哲(九大) 「遺伝子発現の制御関係の構築」
    1430 - 1450 休憩
    1450 - 1550 CASP special 富井健太郎 藤墳佳見 ほか計3名
    1550 - 1620 休憩
    1620 - 1650 林原尚浩(JAIST) "Fault Tolerance in a Grid"
    1650 - 1720 福崎昭伸(GSC) 「OBITcoの開発と今後の発展について」
    1720 - 1750 小板隆浩 「Grid環境におけるゲノムアプリケーションInterProScan実行支援機能」
    18日
    1000 - 1030 我妻竜三 (GSC) 「MAPKカスケードのモンテカルロシミュレーション」
    1030 - 1050 水口洋平 (JAIST) (仮 SVMによる蛋白質の相互作用部位予測)
    1050-1110 金大心 (産総研CBRC) Marginalized Kernels for Measuring Protein Similarities
    1110 - 1140 朴聖俊 (東工大) 「ローカルとグローバル立体構造比較から眺めるタンパク質進化」
    1140-1210 吉良聡 (東工大) 「翻訳過程の確率モデル化による外来タンパク質の発現予測」
２００３年度

  • 第２５回研究会
    共催： 理研ＧＳＣシンポジウム「バイオネットワークとフェノミクス」
    日時     ６月２０日（金）
    場所     理研横浜キャンパス交流棟ホール

  • 第２６回研究会
    日時     １０月１５日（水）
    場所     理研ＧＳＣ（鶴見）中央研究棟2F（C218/220）
    参加者60人強
    プログラム
    13:05-14:05 招待講演 黒田先生(理研GSC)
    「アミノ酸配列に含まれる構造情報：蛋白質のフォールディング研究とプロテオーム解析への応用」
    14:25-14:50 加藤毅，津田宏治，富井健一郎，浅井潔
    登壇者：加藤毅 (産総研生命情報科学研究センター)
    「 連続密度 HMM によるタンパク質立体構造の重ね合わせ法 」
    14:50-15:15 木立　尚孝、浅井潔
    登壇者：木立　尚孝 (奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科)
    「 Extracting Relations between Promoter Sequences and Their Strengths from Microarray Data 」
    15:15-15:40 金大真, 加藤毅，津田宏治，浅井潔
    登壇者：金大真 (産総研生命情報科学研究センター)
    「 カーネル行列補完法によるタンパク質分類 」
    15:50-16:15 富永大介
    登壇者：富永大介 (産総研生命情報科学研究センター)
    「 システムバイオロジーと遺伝子ネットワークのS-systemモデル 」
    16:15-16:40 福田賢一郎，山縣友紀，高木利久
    登壇者：福田賢一郎 (産総研生命情報科学研究センター)
    「 文献に基づくパスウェイ知識のデータベース化・体系化 」
    16:40-17:05 吉川澄美，小長谷明彦
    登壇者：吉川　澄美 (理研GSCゲノム情報科学研究グループ)
    「 薬機能オントロジーによる薬物相互作用予測 」
    17:10- デモンストレーション
    （小長谷明彦，　於E218）
    「 ３次元リアルタイムインテラクティブ分子シミュレーション 」

  • 第２７回研究会
    日時     １１月１３日（水）～１５日（土）
    場所     理研ＧＳＣ（鶴見）
    参加者50人
    プログラム
    計測自動制御学会システム情報部門学術講演会と共同開催
    オーガナイズドセッション４件とパネル討論１件

  • 第２８回研究会
    日時     ２００４年３月１９日（金）～２０日（土）
    場所     北陸先端大
    参加者50人
    プログラム
    １９日
    1340-1440 招待講演
    招待講演 浅井潔12, 熊谷俊高1
    1.CBRC (産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター)
    2.東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻
    「 麹菌ゲノムプロジェクト 」

    1500-1520
    福崎　昭伸（理研GSC）、小西　史一（理研GSC）、長嶋　剛史（理研GSC）、 井手　香（理研GSC）、畠山　眞里子（理研GSC）、倉光　成紀（阪大・理学）、 小長谷　明彦（理研GSC）
    登壇者：福崎　昭伸（理研GSC）
    「 Annotation Objectを用いたThermus thermophilus HB8のアノテーションシステム 」
    立体構造解析のモデル生物として利用されているThermus thermophilus HB8株を ターゲットとした遺伝子機能アノテーションやパスウェイ解析等には複雑で多様 な情報が必要とされる。本発表ではAnnotation Objectという柔軟性のある多層の データ構造を用いたWebベースのアノテーションシステムを紹介する。

    1520-1545
    伊藤暢聡（東京医科歯科大学大学院疾患生命科学研究部）、 小林香織（科学技術振興機構）、坂本久（科学技術振興機構）、 中村春木（大阪大学蛋白質研究所）
    登壇者：伊藤暢聡（東京医科歯科大学大学院疾患生命科学研究部）
    「 PDBjにおけるPDBの改善 」
    構造生物学の進展により、生体高分子の立体構造に関して原子座標を はじめ多くの情報が蓄積されている。こうした情報は日米欧の協力で Proten Data Bankが管理してきたが、Protein Data Bank Japan (PDBj)では、 こうしたPDBの維持・運営に加え、その高度化を目指しており、その概要を PDBのXML化を中心に報告する。

    1545-1605
    因幡英明 (西日本電信電話株式会社　BBアプリケーションサービス部)
    「 世界最大の国際DNAデータバンクとフレッツユーザのパソコンを 利用した「グリッド」技術の共同実験について 」
    現在、西日本エリアで行っている一般家庭のPCを用いた データグリッド実験の概要説明および現在の状況を説明 させて頂きます。

    1620-1640
    有田正規 (東京大学新領域創成科学研究科情報生命科学専攻)
    「 生物学者にやる気を出させる代謝マップエディタ 」
    従来の代謝マップ(データベース）はＨＴＭＬ化されたデータを「見る」ため に提供されており、ユーザと「インタラクト」する要素をもたない。　今回、 IPA未踏ソフトウェア創造事業において代謝マップに特化したドローイングエ ディタを作成したので報告する。

    1640-1700
    辻慎一12　中島康彦12　佐藤賢二1　小西史一3　小長谷明彦3
    1) 北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科
    2) NECソフトウェア北陸第一開発部
    3) 理化学研究所ゲノム科学総合研究センター
    登壇者：辻慎一
    「 分散XML連合データベースのための高速検索方式の提案 」
    急増するバイオ関連データベースを高速に検索するため、 分散XML連合データベースシステムの研究開発に取り組んでいる。 今回、2002年に開発したスケーラブルゲノムデータベース システムにXMLファイルの取得機能、スクリプト言語からの データベース検索機能、全文検索機能による検索処理の 高速化の拡張を行った。これをもとに、分散XML連合データベース システムに関するいくつかの提案を行う。

    1700-1730
    安原琢也
    所属：株式会社ビーコン インフォメーションテクノロジー
    「 XML DBシステムでのXML版DDBJの実装事例 」
    XML版DDBJデータを対象に、商用XMLDBにおけるデータ管理のあり方や、クエリ式 並びに検索パフォーマンスなどについてご紹介させて頂きます。

    ２０日
    1010-1030
    加藤毅，金大真，富井健太郎，津田宏治，浅井潔
    所属：産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
    登壇者：加藤毅
    「 構造類似度補完のための em 法と EM 法 」
    バイオインフォマティクスにおいて，カーネル行列によるデータ の表現法が注目されつつある．近年，津田らにより欠損値を持つ カーネル行列の補完法が提案された．これは異種データから作ら れた補助行列を使って em (指数型混合型)法に基づいて推定する ものである．これに対して，発表者は EM (期待値最大化)法に基 づく新たなカーネル行列補完法を開発した．本発表では，これら ２つのカーネル行列補完法を紹介し，蛋白質の構造データを使っ た比較実験の結果を示す．

    1030-1050
    金 大真1、津田宏治12、浅井 潔134
    1) CBRC (産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター)
    2) Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Tuebingen, Germany
    3) 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻
    4) 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 情報生命科学専攻
    登壇者：金 大真
    「 周辺化カーネルを用いたゲノム配列からの non-coding RNA 配列発見手法 」
    タンパク質に翻訳されずにRNAのまま生体内で働く non-coding RNA (ncRNA) が注目されている。ゲノム配列上から ncRNA 領域を発見する計算機手法が望 まれているが、有効な手法は知られていない。 我々は、確率文脈自由文法による周辺化カーネルとサポートベクターマシン を用いて、ゲノム配列から non-coding RNA 配列領域を発見する手法を提案 する。

    1110-1210 招待講演
    松澤照男、渡邊正宏（北陸先端大・情報科学センター）
    登壇者：松澤照男
    「 遠隔協調環境を利用した循環器疾患診断・治療支援システムの構築 」
    　グリッド環境でバーチャルリアリティを含む高度可視化を利用した遠隔協調環境の 構築をめざしている（VizGrid　プロジェクト）。一方、血流による力学的ストレス が動脈硬化症など循環器疾患の発症と進展に関与している。MRIやX線CT画像から血管 を抽出し、力学的ストレスを明らかにするために血流と血管壁の連成解析し、臨床の 場にフィードバックすることにより、個々の患者に対応した高度医療が可能になる。 本講演ではVizGridプロジェクトと本支援システムの紹介および血流解析の結果を報 告する。


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